剩的最大嫌疑就是袁世凯了。何遂回忆说，关于吴禄贞被刺，有说是清廷主使，也有说是袁世凯主谋。过了许多年以后，当1924年国民军占领北京的时候，段祺瑞又被捧来执政。有一次我和段祺瑞的段宏业闲谈。他大赞蕙田，说：“蕙田是英雄，够朋友，他的行动省了不少不少的事。”他指的就是当年杀吴的事。何遂据此推测，这事可能是袁世凯的。袁世凯杀了吴禄贞，也就破坏了北方军人起义的计划，使他的野心可以更顺利地实现了。

段祺瑞是袁世凯的亲信，又是北洋第六镇的老统制，周符麟和蕙田都是他的，而吴被刺后，袁世凯又命段负责查办。在整个案件中，他是知较多者。其段宏业把蕙田视为英雄，一语天机，恐怕绝非是空来风。

另据任芝铭的回忆，他也曾听袁世凯的贴随从唐天喜谈到这件事。任芝铭曾在唐天喜家中任教馆多年，与唐无话不谈。唐天喜曾亲对他说，吴禄贞是袁世凯指使人杀的。袁世凯杀吴的动机由来已久。在新建陆军中，吴禄贞和良弼一直是与北洋派作对的。老（指袁世凯）不止一次说要除掉吴禄贞，有时不明说，用右手作砍的手势。袁世凯复后，吴禄贞又扣留了接济他的军火。袁世凯听了这个消息，急得吐了两血。因此，他决心要掉吴禄贞。据任芝铭说，唐天喜当时还把袁世凯派什么人去贿通周符麟，给了多少万两银，在哪一个银行拨的款，以及银行名称等都对他说了，可惜时间久了，他已经忘了。另有元柏香的回忆也提到这件事，他说蕙田杀了吴禄贞，周符麟当面给五万酬金。在保定院，买女“看”就了两万。

总之，在辛亥革命研究史中，袁世凯策划了这起血案几乎成了一较为普遍的看法。但除了间接的线索和分析之外，并没有直接的证据能证明这事就是袁世凯的，因此这件事一直扑朔迷离，难有定论。不过，可以肯定的是，吴禄贞被刺，袁世凯是最大的受益者，这是不争的事实。

袁世凯山后，指挥北洋大军猛攻汉，但作为权力中心的北京才是最重要的。二十镇兵谏，不啻是在后院里烧了一把野火。当消息传来，袁世凯着实吃惊不小。他令冯国璋、段祺瑞这些统兵大员写信、打电报，对张绍曾频频施加压力，迫使他不敢有一步的过激之举。

就在这时，吴禄贞截军火，暗通山西的消息传来，袁世凯到威胁越来越大。而且，朝廷电谕让他来京就任阁总理大臣，吴禄贞、张绍曾这么闹腾，京师空虚，他岂敢贸然京？因此，解决北方的问题已是迫在眉睫，不能再拖延去。在袁世凯看来，张绍曾好对付，可吴禄贞却不易制服。而吴禄贞一死便可以使所有的问题迎刃而解。

事实也正是如此。吴禄贞死后，滦州兵谏随之瓦解，一场轰轰烈烈的北方革命便彻底被扼杀了。所以，吴禄贞的死符合袁世凯的利益。

值得注意的是，吴禄贞死后，袁世凯电令段祺瑞查办此事，可周符麟并没有受到查，而作为直接凶手的蕙田后来也死得不明不白。最蹊跷的是，11月16日，在吴案发生后不到十天，有个名叫温肃的御史上了一奏折，揭发吴禄贞包藏祸心，勾结党，请求公布罪状，予以惩。容如：

掌湖北监察御史臣温肃跪奏，为已故大员包藏祸心，反形已著，请宣布罪状，以快人心而伸国法，恭折仰祈圣鉴事：

窃已故山西巡抚吴禄贞，跋扈素著，曾游学东洋，归国后昌言排满革命不讳。此次武昌事起，该员首与黎元洪通谋，又东说滦州军队，西煽太原叛兵，截留前敌军械，并阻绝南北通，以抄第一军后路，皆该员主谋。以至旬日之间，畿甸几于震惊，朝廷为其要挟。旋于正定军次，遣人谋杀袁世凯，为其侦知，将该员戕毙，赴正定县首。此事人言凿凿，一查便悉。当此军扰攘之际，该员为统帅，谋危国家。若不明正其罪，势将以仓猝被害，蒙邀恤典。而手刺杀之人，且以凶手而罹法纲。是非不明，功罪倒置，则人心去矣。伏愿皇上迅夺乾断，立将该员谋罪状宣布天，则军心必为之一肃。

愚赣之见，是否有当？伏乞皇上圣鉴训示。谨奏。

这份奏折不仅要求宣布吴禄贞的罪状，取消“恤典”，而且还要求为凶手平反。奇怪的是，前几天刚刚接手查办此案的袁世凯，却在同一天把上谕及温的奏折一起批给了直隶总督陈夔龙，让他查办。批复云：