来，“官商合办”常常搞不好，主要原因就是以官为主，商人没有发言权，而官不懂商，积习甚多，终致亏累而难以为继。他们向刘铭传提，让他们可以，官商共同经营也可以，甚至在投资上让他们拿大也没有问题，但是有一条，那就是矿务要由商人主持，官不过问。

这样的条件理并不过分。人家拿了钱，你却不让人家主事，这本就说不通。不过，这样却要打破以官为主的格局。有人到担心，提醒刘铭传还是谨慎从事，但刘铭传却认为只要能把基隆煤矿盘活，一切均可尝试。

商人们一见刘铭传放了话，便跃跃试。最后双方商定，基隆以原来的官本十二万投，而商再集资三十万，由商人接办。

应该说，这个方案对双方都有利。刘铭传也满怀希望，心想这个方案总该没问题了。洋人承办不行，官商合办难还不成吗？因此，他一边打报告，一边批准先起来。可是，乎意料的是，他的报告一上去又引来了更大的风波。

和总理衙门立即提质疑，他们还把刘铭传呈送的基隆煤矿合办章程逐条细抠，从中找诸多病。其中有“可疑者三，必不可行者五”。

如，矿务主持。既然官商合办，就应官为主持，“何以一切事宜悉授权于商，官竟不能过问”？

又如，矿务总聘用洋人。刘铭传所称各皆系华人，为什么总却是洋人？这里边“显有冒充影事”。

再如，该巡抚不奏明请旨，便即议立章程，擅行开办，“尤非寻常轻率可比”。

在向皇帝汇报时，奕劻和翁同龢都声称：“刘铭传前与英商订拟合同，办理率，已降旨申饬。谕令他慎选贤员，另筹办法，可他这次招商同官合办，依然是纰谬，大不可行。”

皇帝怒曰：“非严惩不可!”

光绪十六年（1890年）六月二十日，皇帝批示：“刘铭传议。”并勒令其“即将现办之局赶停办，不准迁延回护”。

吏接旨，认为要给予“革职分”的重惩。不过，意见呈报上去之后，光绪帝还算手留，加恩改成“革职留任”。

理决定达后，刘铭传很不服气。他抱怨皇帝在上，不知，而和总理衙门则不明事理，落井石。他复奏申辩，调商人退办，官若另开新矿，不仅“款难筹”，而且“逐年亏折之费亦难为继”，希望维持原状。但报告上去后，如同石沉大海。此时，醇亲王已经病逝，而他的老上司李鸿章在自难保的况也选择了沉默。刘铭传孤立无援，有志难申，一怒之，唯有选择“乞退”。六月二十三日，即分决定达的第三日，他便以“目疾沉重”，请求开去巡抚本缺。

其实，早在两个月前，刘铭传就请过一次病假。那是在他被朝廷“传旨申饬”之后。朝廷给假一月，到期后他又上折请求因病开缺。朝廷仍不准，给假三月。在这期间，他的官商合办计划再次受挫，并受到革职留任的分。于是，假期一满，他便又一次上奏，声称病加剧，请开缺调理；如不得请，恳请赏假，渡就医。